噬菌体全基因组检测

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信息概要

噬菌体全基因组检测标准基于微生物基因组学分析技术，涵盖基因组测序、组装、注释及功能分析等核心内容。该标准发布于2018年7月，现行版本为ISO 21748:2020，未明确废止时间，适用于科研、医疗及工业领域的噬菌体特性鉴定与质量控制。

检测项目

基因组完整性验证，GC含量测定，基因序列组装质量评估，开放阅读框（ORF）预测，tRNA与rRNA识别，启动子与终止子分析，基因功能注释，毒力因子筛查，抗性基因检测，CRISPR序列分析，噬菌体分型，溶原性判定，宿主范围测试，基因组同源性比对，插入序列（IS）识别，噬菌体结构蛋白鉴定，基因组甲基化位点检测，噬菌体复制起点定位，代谢通路重构，噬菌体生命周期相关基因分析，基因组重复序列统计，噬菌体整合酶基因筛查，毒力基因水平转移评估，噬菌体包装信号识别

检测范围

肌尾噬菌体科，长尾噬菌体科，短尾噬菌体科，微小噬菌体科，丝状噬菌体科，T4样噬菌体，λ样噬菌体，T7样噬菌体，SPO1样噬菌体，Mu样噬菌体，φ29样噬菌体，棒状噬菌体，囊状噬菌体，有尾噬菌体目，光滑噬菌体，烈性噬菌体，温和噬菌体，古菌噬菌体，海洋噬菌体，肠道噬菌体，土壤噬菌体，工业发酵噬菌体，医疗用噬菌体，广宿主谱噬菌体，窄宿主谱噬菌体

检测方法

Illumina NovaSeq 6000测序：采用双端测序技术实现高通量基因组数据获取

Oxford Nanopore MinION：通过纳米孔技术进行长片段实时测序

PacBio SMRT测序：应用单分子实时测序技术解决复杂区域组装

qPCR定量分析：精确测定特定基因拷贝数

生物信息学组装：使用SPAdes、Velvet等算法完成基因组拼接

比较基因组学分析：通过Mauve等工具实现多序列比对

蛋白质质谱鉴定：MALDI-TOF检测结构蛋白组成

Southern blot杂交：验证基因组结构重排

透射电子显微镜：观察噬菌体形态特征

宿主范围试验：多菌株平板效率测定法

溶原性诱导实验：丝裂霉素C诱导裂解验证

限制性内切酶图谱：基因组物理图谱构建

RAPD分子标记：快速基因多态性分析

宏基因组溯源分析：环境样本中噬菌体追踪

代谢组学关联检测：宿主-噬菌体互作研究

检测仪器

高通量测序仪，实时定量PCR仪，纳米孔测序装置，单分子实时测序系统，生物分析仪，微量分光光度计，脉冲场电泳系统，冷冻透射电镜，基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱仪，超速离心机，荧光显微成像系统，核酸蛋白质分析仪，自动化液体处理工作站，恒温培养摇床，生物安全柜

注意：因业务调整，暂不接受个人委托测试望见谅。