噬菌体全基因组检测

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噬菌体全基因组检测范围 噬菌体全基因组检测覆盖所有已知的烈性噬菌体与温和噬菌体，包括但不限于肌尾科（Myoviridae）、长尾科（Siphoviridae）、短尾科（Podoviridae）等形态学分类的噬菌体。检测对象涵盖不同宿主来源（如细菌、古菌）及生态环境（如肠道、土壤、水体）中的噬菌体。基因组长度范围从几千碱基对（kb）至数百kb，检测物种覆盖双链DNA（dsDNA）、单链DNA（ssDNA）及RNA噬菌体。此外，检测范围还包括噬菌体基因组的完整性评估（如末端重复序列、闭合环状结构）及潜在的水平基因转移元件分析。

检测项目

1. 全基因组测序与组装：基于高通量测序数据，完成噬菌体基因组的从头组装，评估组装质量（如N50、覆盖度）。
2. 基因组注释：预测开放阅读框（ORF）、非编码RNA（如tRNA、CRISPR序列）、启动子及终止子区域，标注功能基因（如溶菌酶、衣壳蛋白、整合酶）。
3. 功能基因分析：鉴定宿主识别相关基因（尾丝蛋白、吸附蛋白）、溶菌周期调控基因（如裂解酶、阻遏蛋白）及耐药性/毒力因子（如毒素-抗毒素系统）。
4. 系统发育分析：基于保守基因（如主要衣壳蛋白基因）构建进化树，明确分类地位。
5. 比较基因组学：分析基因组共线性、基因家族扩张/缺失及同源重组事件。
6. 溶原性评估：检测前噬菌体整合位点（如attB/attP）、原噬菌体诱导能力及裂解-溶原转换相关调控元件。

检测仪器

1. 高通量测序仪：Illumina NovaSeq 6000（双端150 bp读长，适用于高精度短读长测序）；Oxford Nanopore PromethION（长读长测序，用于解决复杂重复区域组装）。
2. 核酸提取与质检设备：Qubit 4.0荧光定量仪、Agilent 4200 TapeStation（评估DNA完整性）。
3. PCR扩增仪：ABI Veriti 96-Well Thermal Cycler（用于靶向基因验证）。
4. 生物信息学分析平台：CLC Genomics Workbench、Geneious Prime（基因组组装与注释）；Phaster、PHASTER（噬菌体基因组自动化分析）；BLAST、InterProScan（功能注释）。

检测方法

1. 样本制备与核酸提取：采用CsCl密度梯度离心法纯化噬菌体颗粒，使用SDS-蛋白酶K裂解后通过酚-氯仿法提取基因组DNA/RNA。RNA噬菌体需经反转录生成cDNA。
2. 文库构建与测序：针对短读长测序，使用Nextera XT文库制备试剂盒构建300-800 bp插入片段文库；长读长测序采用Ligation Sequencing Kit SQK-LSK109构建文库。测序深度≥50×。
3. 基因组组装与纠错：结合SPAdes（短读长）与Canu（长读长）进行混合组装，利用Pilon软件校正碱基错误。
4. 功能注释与分类：通过Prokka、RAST等工具进行ORF预测，比对NCBI NR、Swiss-Prot数据库进行功能注释；使用VICTOR、ICTV分类标准确定分类学归属。
5. 溶原性验证：通过Mitomycin C诱导实验结合qPCR定量前噬菌体基因表达水平，确认溶原状态。
6. 数据交付：提供FASTA格式基因组序列、GBK注释文件及PDF格式分析报告（含SNP/InDel变异、基因功能富集分析）。

注意：因业务调整，暂不接受个人委托测试望见谅。