信息概要
细菌全基因组测序检测依据《微生物全基因组测序技术规范》（GB/T XXXX-2020），该标准于2020年5月发布，现行有效，未明确废止时间。本标准规定了细菌全基因组测序的实验设计、样本处理、数据分析和结果报告等要求，涵盖基因组组装、注释、功能分析及耐药性预测等核心内容，适用于临床、环境和工业领域细菌的遗传特征解析。
检测项目
全基因组组装质量评估, 基因注释完整性分析, 毒力因子基因筛查, 抗生素耐药基因鉴定, 代谢通路重构, 质粒与移动遗传元件检测, SNP（单核苷酸多态性）分析, 插入缺失变异检测, 基因组重复序列识别, 噬菌体整合区域定位, CRISPR序列分析, 系统发育树构建, 核心基因组比对, 泛基因组分析, 基因岛预测, 转录调控元件注释, 保守蛋白家族分类, 基因水平转移事件推断, 基因组甲基化模式分析, 环境适应性基因挖掘
检测范围
大肠埃希氏菌, 金黄色葡萄球菌, 肺炎克雷伯菌, 铜绿假单胞菌, 结核分枝杆菌, 沙门氏菌属, 李斯特菌, 霍乱弧菌, 鲍曼不动杆菌, 肠球菌属, 链球菌属, 弯曲杆菌, 幽门螺杆菌, 志贺氏菌, 淋病奈瑟菌, 布鲁氏菌, 炭疽芽孢杆菌, 鼠疫耶尔森菌, 军团菌, 百日咳杆菌
检测方法
Illumina NovaSeq 6000测序（高通量短读长测序技术）
PacBio SMRT测序（长读长测序解决复杂区域组装）
Nanopore MinION测序（实时长读长表观遗传分析）
全基因组de novo组装（基于SPAdes或Canu算法）
多基因组比较分析（Roary泛基因组分析工具）
抗性基因数据库比对（CARD、ARDB）
毒力因子数据库筛查（VFDB）
CRISPR阵列识别（CRISPRfinder工具）
基因组甲基化位点检测（SMRT Link软件）
SNP/Indel变异检测（GATK最佳实践流程）
质粒重构（PlasmidSPAdes专用组装模块）
基因岛预测（IslandViewer多算法整合平台）
系统发育分析（MEGA软件最大似然法构建）
功能注释（Prokka自动化注释流程）
表型-基因型关联分析（基于机器学习模型）
检测仪器
Illumina NovaSeq 6000测序仪,PacBio Sequel IIe系统,Oxford Nanopore GridION,Qiagen QIAcube核酸提取仪,Agilent 4200 TapeStation,Thermo Fisher QuantStudio实时PCR仪,Beckman Coulter Biomek液体处理工作站,Covaris M220超声破碎仪,Illumina MiSeq测序仪,NanoDrop超微量分光光度计,Qubit荧光定量仪,Applied Biosystems GeneAmp PCR系统,Bio-Rad CFX96荧光定量PCR仪,Eppendorf Centrifuge 5430R离心机,ABI 3730xl基因分析仪
