全基因组重测序检测

(CMA)     (ISO) (高新技术企业)

全基因组重测序检测技术方案

一、检测范围 全基因组重测序（Whole Genome Resequencing, WGR）检测覆盖人类或其他物种的全基因组范围，包括编码区（外显子）、非编码区、调控序列（如启动子、增强子）以及结构变异区域。针对人类基因组，检测范围涵盖约30亿个碱基对，通过高深度测序（通常≥30×）解析单核苷酸变异（SNV）、插入缺失（InDel）、拷贝数变异（CNV）和结构变异（SV）等遗传信息，适用于疾病机制研究、群体遗传学分析、癌症基因组学及精准医疗等领域。

二、检测项目

1. 单核苷酸多态性（SNP）与突变检测 识别全基因组范围内的单碱基变异，包括同义突变、错义突变及无义突变，关联疾病易感性或功能影响。
2. 插入/缺失（InDel）分析 检测1-50 bp的小片段插入或缺失，评估其对基因阅读框及蛋白功能的潜在影响。
3. 拷贝数变异（CNV）检测 分析基因组大片段（>1 kb）的拷贝数变化，如重复、缺失或扩增，关联癌症驱动基因或遗传性疾病。
4. 结构变异（SV）鉴定 包括染色体倒位、易位、大片段插入/缺失（>50 bp）等复杂变异，解析其在基因组进化或疾病中的作用。
5. 线粒体基因组与HLA分型 同步分析线粒体DNA变异及人类白细胞抗原（HLA）区域高多态性位点，支持免疫相关研究。

三、检测仪器

1. 高通量测序平台
   • Illumina NovaSeq 6000：基于边合成边测序（SBS）技术，支持双端测序（PE150），单次运行通量达6 Tb，适用于大规模样本的高深度全基因组检测。
   • Thermo Fisher Ion Torrent Genexus：采用半导体测序技术，自动化文库制备与数据分析，适用于快速小规模检测。
2. 长读长测序平台（辅助验证）
   • PacBio Sequel IIe：通过HiFi测序（读长≥10 kb）解析复杂结构变异及重复序列。
   • Oxford Nanopore PromethION：超长读长（>100 kb）检测大片段SV及表观遗传修饰。
3. 辅助设备
   • Agilent 4200 TapeStation：DNA/RNA质量评估。
   • Covaris M220：超声破碎仪，用于DNA片段化。

四、检测方法

1. 样本制备与质控
   • 提取样本DNA（血液、组织或细胞），要求浓度≥20 ng/μL，总量≥1 μg，纯度（A260/A280）1.8-2.0。
   • 使用Qubit 4.0定量，Agilent 4200 TapeStation检测DNA完整性（DIN≥7）。
2. 文库构建
   • 超声打断DNA至350 bp片段，经末端修复、加A尾、连接测序接头后，通过磁珠筛选获得200-500 bp文库。
   • PCR扩增富集目标片段，文库浓度经qPCR（KAPA Library Quant Kit）校准至2 nM。
3. 上机测序
   • 采用NovaSeq 6000平台进行双端150 bp测序，数据产出≥90 Gb/样本，目标深度≥30×。
   • 数据质量控制标准：Q30≥85%，有效数据量≥95%。
4. 生物信息学分析
   • 原始数据经FastQC质控，使用BWA-MEM比对至参考基因组（GRCh38/hg38）。
   • 变异检测：GATK4流程识别SNV/InDel，Manta检测SV，CNVkit分析拷贝数变异。
   • 注释工具：ANNOVAR、SnpEff及COSMIC/ClinVar数据库关联变异功能与临床意义。

注意：因业务调整，暂不接受个人委托测试望见谅。