全基因组三代测序检测

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全基因组三代测序检测技术报告

1. 检测范围

全基因组三代测序（Third-Generation Sequencing, TGS）覆盖人类基因组中约99%的序列区域，包括高重复序列、复杂结构区域（如端粒、着丝粒）、长片段插入/缺失（INDEL）、结构变异（SV）、拷贝数变异（CNV）以及串联重复序列（如STR）。同时支持对甲基化修饰（如5mC、6mA）的表观遗传学分析，并解析单体型（Haplotype）信息。

2. 检测项目

（1）单核苷酸变异（SNV）：检测全基因组范围内单碱基突变，包括低频突变（频率≥1%）。 （2）插入/缺失变异（INDEL）：识别1 bp至数万bp的插入或缺失事件。 （3）结构变异（SV）：解析≥50 bp的复杂变异类型，包括倒位（Inversion）、易位（Translocation）、拷贝数变异（CNV）及环形DNA（Circular DNA）。 （4）串联重复序列（TR）：精准检测与疾病相关的重复序列扩展（如亨廷顿舞蹈症、脆性X综合征）。 （5）表观遗传修饰：基于原生DNA直接测序，分析全基因组甲基化位点。 （6）单体型定相（Phasing）：区分父源与母源等位基因，构建染色体单体型图谱。

3. 检测仪器

（1）PacBio Sequel II/IIe系统：基于单分子实时测序技术（SMRT），平均读长10-25 kb，支持HiFi高精度模式（准确率≥99.9%）。 （2）Oxford Nanopore PromethION/GridION：采用纳米孔测序技术，超长读长（N50可达100 kb以上），支持直接检测DNA/RNA修饰。 （3）MGI DNBSEQ-T20：结合滚环扩增技术，适用于超高通量全基因组测序（每台设备年通量达100 Tb）。

4. 检测方法

（1）样本制备

• 提取高分子量DNA（片段长度≥50 kb，浓度≥20 ng/μL），使用BluePippin或FemtoPulse系统筛选目标片段。
• 建库流程：PacBio系统采用SMRTbell环状文库制备，Oxford Nanopore采用Ligation Sequencing Kit连接接头。

（2）测序策略

• PacBio HiFi模式：通过环形一致性测序（CCS）生成高精度长读长数据（15-20 kb，Q30≥90%）。
• Nanopore Ultra-Long模式：优化DNA提取和文库加载，获得N50≥100 kb的连续读长。

（3）数据分析流程

• 原始数据预处理：PacBio数据使用SMRT Link软件进行CCS校正，Nanopore数据通过Guppy进行碱基识别。
• 变异检测：使用PBMM2/Minimap2比对至参考基因组（GRCh38/hg38），通过Sniffles（SV检测）、DeepVariant（SNV/INDEL）、MethylationCaller（甲基化分析）等工具解析变异。
• 单体型构建：利用WhatsHap或HapCUT2进行单体型分型，结合长读长优势实现高分辨率定相。

注意：因业务调整，暂不接受个人委托测试望见谅。