菌株全基因组检测

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信息概要

菌株全基因组检测依据《微生物菌株全基因组测序与分析技术规范》（GB/T XXXXX-2020），该标准于2020年发布，现行有效，未明确废止时间。检测涵盖菌株基因组完整性、功能基因注释、进化分析及安全性评估等内容，适用于工业、农业、医疗等领域微生物菌株的遗传特性解析与质量控制。

检测项目

全基因组测序覆盖度, 基因组装完整性评估, SNP（单核苷酸多态性）分析, 基因组GC含量测定, 编码基因预测与注释, 毒力因子基因筛查, 抗生素抗性基因检测, 代谢通路功能注释, 基因组重复序列分析, 水平基因转移事件识别, CRISPR序列鉴定, 噬菌体整合位点检测, 系统发育树构建, 菌株同源性比对, 基因组岛识别, 质粒序列检测, 核糖体RNA基因分析, 移动遗传元件标记, 基因组注释数据库比对, 基因功能富集分析

检测范围

工业用生产菌株, 益生菌菌株, 环境修复功能菌株, 病原性细菌菌株, 放线菌属, 乳酸菌属, 芽孢杆菌属, 酵母菌属, 霉菌菌株, 古菌菌株, 极端环境微生物, 土壤微生物分离株, 发酵工程菌株, 基因工程改造菌株, 食品添加剂菌株, 医药原料生产菌株, 水产养殖益生菌, 农业用固氮菌株, 生物降解功能菌株, 临床分离耐药菌株

检测方法

全基因组测序（WGS）：采用二代或三代测序技术获取菌株完整基因组序列。

从头组装法：利用生物信息学工具将短序列拼接成连续基因组序列。

参考序列比对：通过BWA、Bowtie等工具与标准基因组进行变异分析。

功能基因注释：基于KEGG、GO数据库进行代谢通路功能分类。

抗菌素抗性基因筛查：基于CARD数据库进行耐药基因匹配。

毒力因子分析：通过VFDB数据库识别潜在致病相关基因。

CRISPR识别：使用CRISPRfinder工具检测CRISPR阵列结构。

系统发育分析：基于核心基因构建多序列比对进化树。

质粒序列分离：通过覆盖深度差异识别染色体外遗传元件。

基因组岛预测：运用IslandViewer等工具识别水平转移区域。

宏基因组溯源：通过基因组标记基因追溯菌株环境适应性。

SNP calling：GATK流程检测单核苷酸多态性位点。

ANI计算：平均核苷酸一致性评估菌株分类学关系。

泛基因组分析：比较多株菌的共有与特有基因集合。

质粒接合实验验证：通过分子生物学方法确认移动遗传元件活性。

检测仪器

Illumina NovaSeq 6000测序仪, Oxford Nanopore PromethION, PacBio Sequel II, Qubit荧光定量仪, Agilent 4200 TapeStation, Covaris超声破碎仪, Thermo Scientific离心机, PCR扩增仪, 超低温冰箱, 生物安全柜, 凝胶成像系统, Nanodrop分光光度计, MiSeq测序平台, 恒温培养箱, 自动化液体处理工作站

注意：因业务调整，暂不接受个人委托测试望见谅。