基因组测序检测

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基因组测序检测技术报告

一、检测范围

基因组测序检测涵盖以下范围：

1. 全基因组测序（WGS）：覆盖人类或其他物种的全基因组序列，包括编码区（外显子）和非编码区（内含子、调控区域等）。
2. 全外显子组测序（WES）：针对基因组中约2%的外显子区域进行深度测序，重点分析蛋白编码基因的变异。
3. 靶向测序：针对特定基因或基因组区域（如癌症相关基因、遗传病相关基因）进行高深度测序。
4. 微生物基因组测序：包括细菌、病毒、真菌等微生物的全基因组分析。

二、检测项目

1. 单核苷酸变异（SNV）检测：识别基因组中的单碱基突变，包括错义突变、无义突变和同义突变。
2. 插入缺失（InDel）检测：分析小片段（1-50 bp）的插入或缺失变异。
3. 拷贝数变异（CNV）检测：检测基因组中大片段（>1 kb）的重复或缺失。
4. 结构变异（SV）检测：包括染色体倒位、易位、串联重复等复杂变异。
5. 肿瘤基因组学检测：
   • 体细胞突变分析（如驱动基因突变）；
   • 肿瘤突变负荷（TMB）和微卫星不稳定性（MSI）评估；
   • 融合基因及基因重排检测。
6. 遗传病相关检测：
   • 隐性/显性遗传病致病突变筛查；
   • 线粒体基因组变异分析。
7. 表观遗传学分析：DNA甲基化、染色质可及性检测（需结合亚硫酸盐处理或ATAC-seq技术）。

三、检测仪器

1. 高通量测序平台：
   • Illumina NovaSeq 6000：支持全基因组、外显子组及大规模靶向测序，单次运行通量达6 Tb，适用于高深度、大样本量研究。
   • Illumina HiSeq X Ten：专为人类全基因组测序设计，每年可完成超过18,000例样本测序。
   • Thermo Fisher Ion S5系列：基于半导体测序技术，适用于靶向测序和小型基因组分析。
2. 长读长测序平台：
   • PacBio Sequel II：单分子实时（SMRT）测序技术，读长达25 kb，适用于结构变异和复杂基因组组装。
   • Oxford Nanopore MinION/PromethION：纳米孔测序技术，支持超长读长（>100 kb）和实时数据输出。
3. 辅助设备：
   • 自动化文库制备系统（如Beckman Biomek i7）；
   • 质控仪器：Agilent 2100 Bioanalyzer（片段分析）、Qubit荧光计（DNA定量）。

四、检测方法

1. 样本制备：
   • DNA提取：使用磁珠法或酚-氯仿法从血液、组织或细胞中提取高质量DNA（浓度≥20 ng/μL，OD260/280=1.8-2.0）。
   • 文库构建：
     • 片段化：通过超声破碎或酶切法将DNA打断至目标长度（如350 bp）；
     • 末端修复、加A尾和接头连接；
     • PCR扩增富集文库（循环数≤10）。
2. 测序流程：
   • Illumina平台：基于边合成边测序（SBS）技术，采用双端测序（PE150）模式，平均测序深度为30×（WGS）或100×（WES）。
   • Nanopore平台：直接测序未扩增的DNA分子，通过电信号变化识别碱基。
3. 数据分析：
   • 原始数据处理：使用FastQC进行质控，Trimmomatic或Cutadapt去除低质量读段和接头序列。
   • 序列比对：BWA-MEM或Bowtie2将读段比对至参考基因组（如GRCh38）。
   • 变异检测：
     • SNV/InDel：GATK HaplotypeCaller或Strelka2；
     • CNV/SV：CNVkit、Manta或LUMPY；
     • 肿瘤样本：MuTect2（体细胞突变）、FACETS（拷贝数分析）。
   • 注释与解读：ANNOVAR、SnpEff或InterVar对变异进行功能注释及致病性评估。

注意：因业务调整，暂不接受个人委托测试望见谅。