信息概要
菌株全基因组测序检测基于现行国际标准ISO 23418:2021《微生物全基因组测序分析指南》，该标准于2021年发布并实施，目前未废止。检测涵盖菌株基因组组装、注释、功能基因分析、进化关系及耐药性评估，采用高通量测序技术结合生物信息学分析，确保数据完整性和结果可靠性。
检测项目
全基因组组装质量评估，基因注释完整性分析，编码序列（CDS）预测，非编码RNA识别，基因岛检测，毒力因子筛查，抗生素耐药基因鉴定，CRISPR阵列分析，质粒序列追踪，噬菌体整合位点检测，单核苷酸多态性（SNP）分析，插入缺失（InDel）检测，结构变异（SV）识别，核心基因组与泛基因组比较，代谢通路重建，系统发育树构建，基因组甲基化分析，水平基因转移事件验证，菌株分型（MLST/ST），环境适应性基因挖掘，启动子及调控元件预测，基因簇功能注释，重组事件分析，基因组重复序列定位，表型-基因型关联分析
检测范围
革兰氏阳性菌，革兰氏阴性菌，放线菌，蓝细菌，古菌，乳酸菌，芽孢杆菌，大肠杆菌，沙门氏菌，葡萄球菌，链球菌，假单胞菌，酵母菌，曲霉菌，乳杆菌，双歧杆菌，梭菌，弧菌，分枝杆菌，立克次体，衣原体，螺旋体，支原体，军团菌，李斯特菌，志贺氏菌，霍乱弧菌，幽门螺杆菌，布鲁氏菌，耶尔森菌
检测方法
Illumina NovaSeq 6000测序：采用高通量双端测序技术，实现高精度全基因组覆盖
Oxford Nanopore PromethION：长读长测序技术解析复杂基因组结构
PacBio SMRT测序：精确检测表观遗传修饰及重复序列
SOAPdenovo组装：基于短读长的基因组拼接算法
Prokka自动注释：原核生物基因组快速功能注释流程
RAST注释系统：基于子系统的功能基因分类框架
BLAST同源比对：基因功能注释的基准比对方法
AntiSMASH次级代谢产物预测：生物合成基因簇识别技术
ISfinder移动元件分析：转座酶及插入序列数据库比对
CARD耐药基因数据库：抗生素抗性基因专业筛查体系
Roary泛基因组分析：核心/附属基因分类计算方法
MUMmer基因组比对：全基因组序列比对工具
PhyML系统发育构建：最大似然法进化树重建模型
SignalP分泌蛋白预测：信号肽及跨膜结构域识别
OrthoMCL直系同源聚类：基因家族分类与比较工具
检测仪器
Illumina NovaSeq 6000测序仪，Oxford Nanopore PromethION,PacBio Sequel IIe,Qubit 4.0荧光定量仪，Agilent 4200 TapeStation，Covaris M220超声破碎仪，Thermo Fisher离心机，Eppendorf PCR仪，Nanodrop分光光度计，Beckman Coulter Biomek液体处理工作站，Illumina MiSeq，Bio-Rad CFX96实时定量PCR系统，Qiagen核酸提取仪，Oxford Nanopore MinION，ABI 3730xl遗传分析仪，Illumina iSeq 100
