动物全基因组重测序检测

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信息概要

动物全基因组重测序检测基于行业标准《动物基因组测序技术规范》（GB/T XXXXX-2020），发布于2020年8月，现行有效，暂无废止时间。该标准涵盖样本制备、测序流程、数据分析及质量控制要求，适用于哺乳动物、鸟类、鱼类等全基因组变异检测，包括SNP、InDel、CNV等核心分析内容。

检测项目

基因组覆盖度分析，单核苷酸多态性（SNP）检测，插入缺失（InDel）鉴定，结构变异（SV）分析，拷贝数变异（CNV）检测，测序深度评估，序列比对率计算，污染源筛查，杂合度分析，重复序列注释，基因功能富集分析，进化树构建，群体遗传多样性分析，连锁不平衡分析，选择性清除分析，基因家族扩张收缩评估，基因组组装质量验证，变异注释与致病性预测，等位基因频率统计，样本间遗传距离计算

检测范围

牛，猪，羊，鸡，鸭，犬，猫，马，兔，鼠，猴，斑马鱼，果蝇，蜜蜂，蚕，蛇，龟，青蛙，鸽子，狐狸

检测方法

DNA提取与纯化：采用磁珠法或酚氯仿法获取高质量基因组DNA

文库构建：利用片段化、末端修复及接头连接制备Illumina兼容文库

高通量测序：基于NovaSeq 6000平台进行PE150双端测序

原始数据质控：通过FastQC评估原始reads质量与碱基分布

序列比对：使用BWA-MEM算法将reads映射至参考基因组

变异检测：GATK HaplotypeCaller进行SNP/InDel联合基因型分析

结构变异分析：结合Manta与Lumpy算法识别大片段变异

拷贝数变异检测：基于Read Depth策略的CNVnator分析

功能注释：SnpEff整合Ensembl数据库进行变异效应预测

进化分析：MEGA软件构建NJ/ML系统发育树

群体遗传分析：PLINK完成PCA、Fst等群体结构计算

数据可视化：Integrative Genomics Viewer（IGV）展示变异位点

统计学分析：R语言进行差异变异显著性检验

机器学习建模：Python scikit-learn筛选特征变异位点

Sanger测序验证：ABI 3730xl平台对关键位点进行双向验证

检测仪器

Illumina NovaSeq 6000测序仪，Thermo Fisher Qubit 4.0荧光定量仪，Agilent 4200 TapeStation系统，Covaris M220超声波破碎仪，Beckman Coulter Biomek i7自动化工作站，Eppendorf Centrifuge 5425离心机，Bio-Rad CFX96实时定量PCR仪，NanoDrop One超微量分光光度计，Oxford Nanopore GridION测序仪，ABI 3730xl基因分析仪，Thermo Fisher Scientific KingFisher Flex核酸纯化系统，Roche LightCycler 480 II扩增仪，Qiagen Rotor-Gene Q热循环仪，PerkinElmer LabChip GX Touch核酸分析系统，Sony SH800S流式分选仪

注意：因业务调整，暂不接受个人委托测试望见谅。