动物全基因组重测序检测

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检测范围 动物全基因组重测序的检测范围涵盖多种物种，包括但不限于哺乳类（如牛、猪、犬、猫、小鼠）、禽类（如鸡、鸭）以及水生生物（如斑马鱼、三文鱼）。检测样本类型主要为血液、组织或细胞系来源的DNA。基因组覆盖区域包括全基因组编码区、非编码调控区（如启动子、增强子）以及重复序列区域。重测序深度通常建议为30×以上，以确保单核苷酸变异（SNV）和结构变异（SV）的检测准确性。

检测项目

1. SNP/InDel检测：通过比对参考基因组，识别单核苷酸多态性（SNP）和小片段插入缺失（InDel），筛选高置信度变异位点（QUAL≥30，DP≥10）。
2. 结构变异分析：包括染色体倒位、易位、拷贝数变异（CNV）和大片段缺失/重复（≥50 bp），结合长读长测序数据验证复杂变异。
3. 功能注释：利用ANNOVAR、SnpEff等工具对变异位点进行功能注释，关联至基因功能（如错义突变、移码突变）及疾病相关数据库（OMIM、ClinVar）。
4. 群体遗传分析：计算群体遗传多样性参数（如π值、Fst），构建系统发育树，分析种群进化关系。

检测仪器

1. 高通量测序平台：Illumina NovaSeq 6000（双端测序，读长2×150 bp，Q30≥80%），华大智造MGISEQ-2000（PE100模式）。
2. 长读长测序仪：PacBio Sequel II（HiFi reads，平均读长15-20 kb）或Oxford Nanopore PromethION（超长读长≥100 kb），用于解析复杂结构变异。
3. 辅助设备：Qubit 4.0荧光计（DNA定量），Agilent 4200 TapeStation（DNA完整性评估），PCR仪（文库扩增）。

检测方法

1. 样本制备与质控：采用酚-氯仿法或磁珠法提取基因组DNA，要求浓度≥30 ng/μL，OD260/280=1.8-2.0，片段长度≥20 kb。
2. 文库构建：使用Illumina TruSeq Nano或MGIEasy文库制备试剂盒，完成DNA片段化、末端修复、接头连接及PCR富集，文库片段大小300-500 bp。
3. 测序与数据产出：按标准流程进行簇生成和边合成边测序（SBS），原始数据经bcl2fastq转换为FASTQ格式，过滤低质量序列（Q<20，N含量>5%）。
4. 生信分析流程：
   • 数据预处理：Trimmomatic去除接头，FastQC评估数据质量。
   • 序列比对：BWA-MEM或Bowtie2将clean reads比对至参考基因组（如NCBI RefSeq）。
   • 变异检测：GATK HaplotypeCaller（SNP/InDel），Manta（SV），CNVkit（拷贝数变异）。
   • 统计与可视化：R语言（ggplot2）绘制变异分布图，IGV手动复核高频变异位点。

注意：因业务调整，暂不接受个人委托测试望见谅。