wgs全基因组测序检测

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全基因组测序（WGS）检测技术报告

1. 检测范围

全基因组测序（WGS）覆盖人类基因组约30亿个碱基对，包括编码区（外显子）、非编码区（内含子、调控区域）、重复序列及结构变异区域（如拷贝数变异、染色体易位等）。检测范围涵盖以下内容：

• 单核苷酸变异（SNV）：全基因组范围内单碱基的替换或突变。
• 小片段插入/缺失（Indel）：1-50 bp的序列插入或缺失。
• 结构变异（SV）：50 bp以上的大片段变异，包括缺失、重复、倒位、易位等。
• 拷贝数变异（CNV）：基因组片段的重复或缺失。
• 线粒体基因组变异：线粒体DNA的突变与异质性分析。

2. 检测项目

基于WGS数据，检测项目包括但不限于以下内容：

1. 全基因组变异检测：SNV、Indel、SV、CNV的全面筛查。
2. 疾病相关变异分析：
   • 遗传性疾病相关位点（如BRCA1/2、TP53等基因的致病突变）；
   • 复杂疾病易感基因（如心血管疾病、神经退行性疾病相关位点）；
   • 肿瘤驱动基因突变与体细胞变异分析。
3. 药物代谢与疗效相关基因：CYP家族基因、HLA分型等药物基因组学分析。
4. 群体遗传学特征：单倍型分析、群体特异性变异及祖先溯源。
5. 线粒体基因组分析：mtDNA突变与疾病关联性评估。

3. 检测仪器

1. 测序平台：
   • Illumina NovaSeq 6000：高通量测序仪，支持双端测序（PE150），单次运行可覆盖30×全基因组深度。
   • Thermo Fisher Ion Torrent Genexus™：基于半导体测序技术，适用于快速全基因组分析。
   • 华大智造DNBSEQ-T7：国产超高通量测序仪，支持PE100/PE150读长。
2. 辅助设备：
   • 自动化样本制备系统（如Beckman Coulter Biomek i7）；
   • 生物信息学分析平台（如Illumina DRAGEN、Sentieon）。

4. 检测方法

1. 样本处理与文库构建：

   • 样本类型：血液、唾液、组织或细胞样本（DNA浓度≥20 ng/μL，总量≥1 μg）。
   • DNA提取：使用磁珠法（如Qiagen kits）或柱提法获取高质量DNA（OD260/280=1.8-2.0）。
   • 文库制备：通过片段化（超声打断或酶切）、末端修复、接头连接及PCR扩增构建测序文库。

2. 测序策略：

   • 双端测序（Paired-End）：读长为150 bp（PE150），覆盖深度≥30×，确保变异检测灵敏度＞99.9%。
   • 数据产出：单样本数据量≥90 Gb，Q30碱基占比≥85%。

3. 生物信息学分析流程：

   • 原始数据处理：使用FastQC进行质控，Trimmomatic或Cutadapt去除低质量读段及接头序列。
   • 序列比对：BWA-MEM或Bowtie2将测序数据比对至参考基因组（GRCh38/hg38）。
   • 变异检测：
     • SNV/Indel：GATK HaplotypeCaller或DeepVariant；
     • SV/CNV：Manta、DELLY或CNVnator；
     • 线粒体变异：Mutect2或MToolBox。
   • 变异注释：ANNOVAR、SnpEff或VEP对变异进行功能注释及临床解读（依据ClinVar、gnomAD、COSMIC等数据库）。

4. 质量控制与验证：

   • 质控指标：覆盖均一性（＞90%目标区域≥10×深度）、比对率（＞95%）、重复序列率（＜10%）。
   • 变异验证：随机抽取5%变异位点通过Sanger测序或ddPCR进行技术验证（一致性＞99%）。

注意：因业务调整，暂不接受个人委托测试望见谅。