分子对接研究检测

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信息概要

分子对接研究检测是一种基于计算模拟的技术，用于预测和分析小分子与生物大分子（如蛋白质、核酸）之间的相互作用，在药物设计、毒理学评估和化学生物学研究中具有重要作用。该检测服务通过模拟分子结合过程，提供结合能、亲和力等关键参数，有助于筛选潜在药物候选物、优化化合物结构，从而加速研发进程并降低实验成本。检测的重要性在于确保对接结果的准确性、可靠性和重现性，为后续实验提供理论依据，减少盲目试错，提高研发效率。

检测项目

对接得分，结合自由能，氢键数量，氢键距离，氢键角度，疏水相互作用，范德华相互作用，静电相互作用，结合常数，解离常数，半抑制浓度，配体效率，配体应变能，受体应变能，结合位点残基，结合模式，聚类分析，均方根偏差，均方根波动，结合口袋体积，结合口袋表面积，配体构象熵，溶剂可及表面积，极性表面积，非极性表面积，旋转键数量，氢键供体数量，氢键受体数量，logP值，分子量，拓扑极性表面积，结合能分解，结合动力学参数，配体停留时间，受体构象变化，溶剂化能，去溶剂化能，离子相互作用，π-π堆积相互作用，阳离子-π相互作用

检测范围

蛋白质-小分子对接，核酸-小分子对接，蛋白质-蛋白质对接，酶-底物对接，受体-配体对接，抗体-抗原对接，DNA-药物对接，RNA-小分子对接，离子通道-阻滞剂对接，GPCR-配体对接，激酶-抑制剂对接，蛋白酶体-抑制剂对接，核受体-配体对接，转运蛋白-底物对接，病毒蛋白-抑制剂对接，细菌蛋白-抗生素对接，真菌蛋白-抗真菌剂对接，癌细胞靶点-化疗药物对接，神经受体-神经递质对接，心血管靶点-药物对接，代谢酶-底物对接，信号通路蛋白-调节剂对接，膜蛋白-配体对接，可溶性蛋白-配体对接，结构蛋白-配体对接，转录因子-DNA对接，核糖体-抗生素对接，毒素-抗毒素对接，疫苗设计-抗原对接，环境污染物-生物分子对接

检测方法

自动分子对接：使用软件（如AutoDock）自动执行对接计算，快速预测结合模式。

柔性对接：允许配体和受体部分原子柔性，提高结合精度。

刚性对接：将配体和受体视为刚性体，简化计算流程。

半柔性对接：配体柔性而受体刚性，平衡速度与准确性。

全原子分子动力学模拟：模拟原子级运动，评估结合稳定性和动力学行为。

结合自由能计算：采用MM/PBSA或MM/GBSA方法计算结合自由能，量化亲和力。

聚类分析：对对接产生的多个构象进行聚类，识别代表性结合模式。

氢键分析：分析氢键的形成、距离和角度，评估相互作用强度。

疏水相互作用分析：通过疏水表面评估非极性作用对结合的贡献。

结合口袋分析：分析结合位点的形状、体积和理化性质。

药效团建模：基于药效团特征进行对接，指导配体设计。

同源建模：构建未知结构的受体模型，用于对接研究。

虚拟筛选：通过大规模对接快速筛选化合物库，发现先导物。

诱导契合对接：考虑受体的构象变化，模拟结合过程中的适应性。

共识对接：结合多种对接算法结果，提高预测可靠性。

检测仪器

高性能计算集群，图形处理单元服务器，工作站计算机，存储区域网络，网络附加存储，服务器机架，冷却系统，不间断电源，分子模拟软件平台，化学信息学数据库，实验室信息管理系统，紫外可见分光光度计，荧光分光光度计，等温滴定 calorimeter，表面等离子共振仪，质谱仪，核磁共振谱仪，X射线衍射仪，圆二色谱仪，动态光散射仪，高效液相色谱仪，气相色谱仪，离子色谱仪，原子力显微镜，电子显微镜，微量热仪

注意：因业务调整，暂不接受个人委托测试望见谅。