转录组测序检测

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转录组测序检测报告

一、检测范围 本检测覆盖以下生物学样本及分析维度：

1. 样本类型：动植物组织、细胞系、血液、微生物群落等。
2. 物种范围：涵盖真核生物（如人类、小鼠、拟南芥）及原核生物（如细菌、古菌）。
3. 分析内容：基因表达谱定量、可变剪切事件、新转录本预测、非编码RNA鉴定（如lncRNA、miRNA）。
4. 时间/条件跨度：多组学时间序列分析（如发育阶段、药物处理）及不同病理/生理状态对比。

二、检测项目

1. 差异表达基因（DEGs）分析：基于统计模型筛选显著差异表达的mRNA与非编码RNA。
2. 功能注释与富集分析：
   • GO（Gene Ontology）注释：生物过程、分子功能、细胞组分分类。
   • KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）通路富集。
   • GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）基因集富集分析。
3. 共表达网络构建：WGCNA（加权基因共表达网络分析）挖掘基因模块与表型关联。
4. 融合基因与SNP检测：识别基因融合事件及单核苷酸多态性位点。

三、检测仪器

1. 测序平台：Illumina NovaSeq 6000（PE150模式，通量≥40 Gb/样本）。
2. 质控设备：Agilent 2100 Bioanalyzer（RNA完整性检测，RIN值≥7.0）。
3. 数据分析系统：
   • 比对工具：HISAT2、STAR。
   • 定量软件：StringTie、Salmon。
   • 差异分析：DESeq2、edgeR。
   • 可视化平台：R语言（ggplot2、pheatmap）、Cytoscape（网络构建）。

四、检测方法

1. 样本制备：
   • 总RNA提取：TRIzol法或磁珠法（Qiagen RNeasy Kit），DNase I消化去除基因组DNA。
   • RNA质检：通过Nanodrop检测纯度（OD260/280=1.8-2.1），Agilent 2100验证完整性。
2. 文库构建：
   • 使用Illumina TruSeq Stranded mRNA Kit进行poly(A) mRNA富集、片段化及双端cDNA合成。
   • 插入片段长度选择：350-450 bp（BluePippin系统筛选）。
3. 上机测序：
   • 测序深度：≥30 million reads/样本，保证低丰度转录本检出率。
   • 数据质量控制：过滤低质量序列（Q-score<20）、接头污染及N碱基占比>5%的reads。
4. 生物信息学分析：
   • 原始数据预处理：FastQC评估质量，Trimmomatic去接头与低质量碱基。
   • 序列比对：参考基因组注释文件（如GENCODE或Ensembl）进行转录本定位。
   • 表达定量：FPKM/TPM标准化，结合PCA（主成分分析）评估批次效应。
   • 下游分析：差异基因筛选（|log2FC|≥1，FDR<0.05），功能富集（超几何检验或Fisher精确检验）。
5. 实验验证：对关键基因通过qRT-PCR或Western blot进行表达水平验证。

（注：以上内容为模拟技术报告框架，实际数据需根据具体实验设计调整。）

注意：因业务调整，暂不接受个人委托测试望见谅。