浮游生物宏转录组测序测试

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信息概要

浮游生物宏转录组测序测试是通过高通量测序技术分析水体中浮游生物群落在转录水平的整体基因表达情况。该测试无需培养，直接从环境样本中提取RNA，反转录为cDNA后进行测序，可揭示浮游生物的活性、功能基因表达、代谢途径及对环境变化的响应。检测的重要性在于：它能评估水生生态系统的健康状况，监测有害藻华、污染物生物效应或气候变化影响，为海洋保护、水产养殖和生物资源管理提供科学依据。

检测项目

总RNA浓度，RNA完整性，cDNA文库质量，测序深度，基因表达丰度，功能基因注释，代谢通路分析，物种分类组成，差异表达基因，转录本组装质量，样本间相关性，α多样性指数，β多样性指数，基因本体富集分析，KEGG通路富集，抗性基因检测，病毒转录本识别，核糖体RNA去除率，测序错误率，转录本覆盖均匀度

检测范围

海洋浮游植物，淡水浮游动物，河口浮游细菌，湖泊浮游真菌，极地浮游病毒，近岸浮游原生生物，深海浮游古菌，养殖水体浮游生物，河流浮游微藻，水库浮游后生动物，湿地浮游放线菌，珊瑚礁浮游群落，热液喷口浮游生物，冰川融水浮游生物，污水排放口浮游生物，农业径流浮游群落，工业废水浮游样本，河口沉积物浮游转录组，大气沉降浮游生物，极地冰芯浮游样本

检测方法

RNA提取与纯化法：使用试剂盒从样本中分离高质量总RNA，确保无降解。

DNase处理法：通过DNase酶去除DNA污染，保证转录组数据准确性。

核糖体RNA去除法：采用探针或酶法降低rRNA比例，富集mRNA。

cDNA文库构建法：利用反转录和接头连接制备Illumina兼容文库。

高通量测序法：使用Illumina或PacBio平台进行双端测序。

原始数据质控法：通过FastQC评估测序读长的质量和适配器污染。

转录本组装法：使用Trinity或SPAdes软件从头组装转录本。

基因表达量化法：基于Salmon或Kallisto工具计算转录本丰度。

功能注释法：通过BLAST比对数据库进行GO和KEGG注释。

差异表达分析法：采用DESeq2或edgeR识别样本间差异基因。

多样性计算法：利用R包计算α和β多样性指数。

物种分类法：通过Kraken或MetaPhIAn进行 taxonomic 分类。

通路富集分析法：使用clusterProfiler进行功能通路富集。

质量控制验证法：通过qPCR或电泳验证关键基因表达。

数据标准化法：应用TPM或FPKM标准化基因表达数据。

检测仪器

Nanodrop分光光度计，Qubit荧光计，Agilent生物分析仪，Illumina测序仪，PacBio测序系统，离心机，PCR仪，电泳系统，恒温混匀仪，超低温冰箱，无菌操作台，微量移液器，真空浓缩仪，磁珠纯化系统，实时荧光定量PCR仪，纳米孔测序仪

问：浮游生物宏转录组测序测试主要用于哪些环境场景？答：常用于海洋生态监测、淡水湖泊健康评估、水产养殖水体管理及污染事件生物效应分析。

问：该测试如何帮助识别有害藻华风险？答：通过检测浮游藻类的毒素基因表达和代谢通路变化，提前预警藻华发生。

问：浮游生物宏转录组测序测试的样本保存有何要求？答：样本需立即用RNA保护剂处理，低温运输并存于-80°C，避免RNA降解。

注意：因业务调整，暂不接受个人委托测试望见谅。